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Die Kobbeke ist ein typischer Mittelgebirgsbach des Sollings, der sich durch seine naturnahe Ausprägung auszeichnet. Dies betrifft sowohl das reich strukturierte Bachbett als auch die an den Wasserlauf zum Teil noch angrenzenden Relikte von Auebereichen. Die Ufer der Kobbeke werden streckenweise von Bäumen, vornehmlich Schwarz-Erlen und Weiden, begleitet. Gehölzsäume entlang der Ufer stellen eine natürliche Begleitgesellschaft der Bäche dar. Der Baumbewuchs wirkt sich positiv auf das Fließgewässer aus, da die Beschattung einen übermäßigen Aufwuchs von Wasserpflanzen verhindert und das Wasser kühl hält. Gleichzeitig bietet das Laub eine Nahrungsquelle für unzählige kleine Wasserbewohner. Die Wurzeln befestigen die Ufer auf natürliche Weise.
Das saubere und kalte Wasser bietet den charakteristischen Fischarten der Mittelgebirgsbäche und vielen Insektenarten, deren Larven sich im Wasser entwickeln, einen Lebensraum. Da diese Arten hohe Ansprüche an Strömung, Sauerstoffgehalt, Temperatur und Substratvielfalt stellen, sind sie auf ein intaktes Ökosystem Bach angewiesen.
Besonders in den Bereichen der Bachaue, in der das Grünland bei Hochwasser regelmäßig überschwemmt wird, können sich nasse Wiesen ausbilden, die an diese Bedingungen speziell angepasste Pflanzen und Tiere beherbergen. So findet sich im Tal der Kobbeke als besondere Vegetationsgesellschaft der Waldsimsen-Sumpf. Sumpfwiesen gehören zu den großen Verlierern der Intensivierung der Landwirtschaft. Da derartige Nasswiesen nur extensiv bewirtschaftet werden können und das Mähgut einen geringen Futterwert besitzt, werden die verbliebenen Bestände oft trockengelegt.